Differences in Cell Cycle Status Underlie Transcriptional Heterogeneity in the HSC Compartment

Lauridsen, F. K. B., Jensen, T. L., Rapin, N., Aslan, D., Wilhelmson, A. S., Pundhir, S., Rehn, M., Paul, F., Giladi, A., Hasemann, M. S., Serup, P., Amit, I. & Porse, B. T. 17 jul. 2018 I : Cell Reports. 24, 3, s. 766-780 15 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Leukemogenic nucleophosmin mutation disrupts the transcription factor hub regulating granulo-monocytic fates

Gu, X., Ebrahem, Q., Mahfouz, R. Z., Hasipek, M., Enane, F., Radivoyevitch, T., Rapin, N., Przychodzen, B., Hu, Z., Balusu, R., Cotta, C. V., Wald, D., Argueta, C., Landesman, Y., Martelli, M. P., Falini, B., Carraway, H., Porse, B. T., Maciejewski, J. P., Jha, B. K. & Saunthararajah, Y. 17 jul. 2018 I : The Journal of clinical investigation.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

A new genetic tool to improve immune-compromised mouse models: Derivation and CRISPR/Cas9-mediated targeting of NRG embryonic stem cell lines

Martin Gonzalez, J., Baudet, A., Abelechian, S., Bonderup, K., d'Altri, T., Porse, B., Brakebusch, C., Juliusson, G. & Cammenga, J. 16 jul. 2018 I : Genesis (New York, N.Y. : 2000).

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Human adult HSCs can be discriminated from lineage-committed HPCs by the expression of endomucin

Reckzeh, K., Kizilkaya, H., Helbo, A. S., Alrich, M. E., Deslauriers, A. G., Grover, A., Rapin, N., Asmar, F., Grønbæk, K., Porse, B., Borregaard, N., Vestweber, D., Nerlov, C. & Theilgaard-Mönch, K. 10 jul. 2018 I : Blood Advances. 2, 13, s. 1628-1632 5 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Enhancer and Transcription Factor Dynamics during Myeloid Differentiation Reveal an Early Differentiation Block in Cebpa null Progenitors

Pundhir, S., Lauridsen, F. K. B., Schuster, M. B., Jakobsen, J. S., Ge, Y., Schoof, E. M., Rapin, N., Waage, J., Hasemann, M. S. & Porse, B. T. 29 maj 2018 I : Cell Reports. 23, 9, s. 2744-2757 14 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Testosterone is an endogenous regulator of BAFF and splenic B cell number

Wilhelmson, A. S., Lantero Rodriguez, M., Stubelius, A., Fogelstrand, P., Johansson, I., Buechler, M. B., Lianoglou, S., Kapoor, V. N., Johansson, M. E., Fagman, J. B., Duhlin, A., Tripathi, P., Camponeschi, A., Porse, B. T., Rolink, A. G., Nissbrandt, H., Turley, S. J., Carlsten, H., Mårtensson, I-L., Karlsson, M. C. I. & Tivesten, Å. 25 maj 2018 I : Nature Communications. 9, 1, s. 2067

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

SinaPlot: An Enhanced Chart for Simple and Truthful Representation of Single Observations Over Multiple Classes

Sidiropoulos, N., Sohi, S. H., Pedersen, T. L., Porse, B. T., Winther, O., Rapin, N. & Bagger, F. O. 15 maj 2018 (Accepteret/In press) I : Journal of Computational and Graphical Statistics. s. 1-4 4 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

EZH2 is a potential therapeutic target for H3K27M-mutant pediatric gliomas

Mohammad, F., Weissmann, S., Leblanc, B., Pandey, D. P., Højfeldt, J. W., Comet, I., Zheng, C., Johansen, J. V., Rapin, N., Porse, B. T., Tvardovskiy, A., Jensen, O. N., Olaciregui, N. G., Lavarino, C., Suñol, M., de Torres, C., Mora, J., Carcaboso, A. M. & Helin, K. feb. 2017 I : Nature Medicine. 23, 4, s. 483-492 10 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

The International Human Epigenome Consortium: A Blueprint for Scientific Collaboration and Discovery

Stunnenberg, H. G., Hirst, M., International Human Epigenome Consortium,( Members:) & Porse, B. T. 17 nov. 2016 I : Cell. 167, 5, s. 1145-1149 5 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning

Survival and evolution of a large multidrug resistance plasmid in new clinical bacterial hosts

Porse, A., Schønning, K., Munck, C. & Sommer, M. O. A. nov. 2016 I : Molecular Biology and Evolution. 33, 11, s. 2860-2873

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

UPF2-Dependent Nonsense-Mediated mRNA Decay Pathway Is Essential for Spermatogenesis by Selectively Eliminating Longer 3'UTR Transcripts

Bao, J., Vitting-Seerup, K., Waage, J., Tang, C., Ge, Y., Porse, B. T. & Yan, W. maj 2016 I : P L o S Genetics. 12, 5, s. e1005863

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Peak-valley-peak pattern of histone modifications delineates active regulatory elements and their directionality

Pundir, S., Bagger, F. O., Lauridsen, F. K. B., Rapin, N. & Porse, B. T. 19 apr. 2016 I : Nucleic acids research. 44, 9, s. 4037-51

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

The presence of C/EBPα and its degradation are both required for TRIB2-mediated leukaemia

O'Connor, C., Lohan, F., Campos, J., Ohlsson, E., Salomè, M., Forde, C., Artschwager, R., Liskamp, R. M., Cahill, M. R., Kiely, P. A., Porse, B. & Keeshan, K. 21 mar. 2016 I : Oncogene. 35, 40, s. 5272-5281

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

C/EBPα creates elite cells for iPSC reprogramming by upregulating Klf4 and increasing the levels of Lsd1 and Brd4

Di Stefano, B., Collombet, S., Jakobsen, J. S., Wierer, M., Sardina, J. L., Lackner, A., Stadhouders, R., Segura-Morales, C., Francesconi, M., Limone, F., Mann, M., Porse, B., Thieffry, D. & Graf, T. 14 mar. 2016 I : Nature Cell Biology. 18, 4, s. 371-81

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

BloodSpot: a database of gene expression profiles and transcriptional programs for healthy and malignant haematopoiesis

Bagger, F. O., Sasivarevic, D., Sohi, S. H., Laursen, L., Pundir, S., Sønderby, C. K., Winther, O., Rapin, N. & Porse, B. T. 2016 I : Nucleic acids research. 44, D1, s. D917-D924

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

The multifaceted functions of C/EBPα in normal and malignant hematopoiesis

Ohlsson, E., Schuster, M. B., Hasemann, M. & Porse, B. T. 2016 I : Leukemia. 30, s. 767-775

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Transcriptional Heterogeneity and Lineage Commitment in Myeloid Progenitors

Paul, F., Arkin, Y., Giladi, A., Jaitin, D. A., Kenigsberg, E., Keren-Shaul, H., Winter, D., Lara-Astiaso, D., Gury, M., Weiner, A., David, E., Cohen, N., Lauridsen, F. K. B., Haas, S., Schlitzer, A., Mildner, A., Ginhoux, F., Jung, S., Trumpp, A., Porse, B. T., Tanay, A. & Amit, I. 17 dec. 2015 I : Cell. 163, 7, s. 1663-77

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

ERG promotes the maintenance of hematopoietic stem cells by restricting their differentiation

Knudsen, K. J., Rehn, M. C., Hasemann, M. S., Rapin, N., Bagger, F. O., Ohlsson, E., Willer, A., Frank, A. K., Søndergaard, E., Jendholm, J., Thorén, L., Lee, J., Rak, J., Theilgaard-Mönch, K. & Porse, B. T. 15 sep. 2015 I : Genes & Development. 29, 18, s. 1915-29 15 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Disease evolution and outcomes in familial AML with germline CEBPA mutations

Tawana, K., Wang, J., Renneville, A., Bödör, C., Hills, R., Loveday, C., Savic, A., Van Delft, F. W., Treleaven, J., Georgiades, P., Uglow, E., Asou, N., Uike, N., Debeljak, M., Jazbec, J., Ancliff, P., Gale, R., Thomas, X., Mialou, V., Döhner, K., Bullinger, L., Mueller, B., Pabst, T., Stelljes, M., Schlegelberger, B., Wozniak, E., Iqbal, S., Okosun, J., Araf, S., Frank, A-K., Lauridsen, F. B., Porse, B., Nerlov, C., Owen, C., Dokal, I., Gribben, J., Smith, M., Preudhomme, C., Chelala, C., Cavenagh, J. & Fitzgibbon, J. 3 sep. 2015 I : Blood. 126, 10, s. 1214-1223

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Loss of TET2 in hematopoietic cells leads to DNA hypermethylation of active enhancers and induction of leukemogenesis

Rasmussen, K. D., Jia, G., Johansen, J. V., Pedersen, M. T., Rapin, N., Bagger, F. O., Porse, B. T., Bernard, O. A., Christensen, J. & Helin, K. 1 maj 2015 I : Genes & Development. 29, 9, s. 910-22 13 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Amplification of pico-scale DNA mediated by bacterial carrier DNA for small-cell-number transcription factor ChIP-seq

Jakobsen, J. S., Bagger, F. O., Hasemann, M. S., Schuster, M. B., Frank, A-K., Waage, J., Vitting-Seerup, K. & Porse, B. T. 5 feb. 2015 I : B M C Genomics. 16, 1, s. 46

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

The liver is the major source of elevated serum lipocalin-2 levels after bacterial infection or partial hepatectomy: A critical role for IL-6/STAT3

Xu, M-J., Feng, D., Wu, H., Wang, H., Chan, Y., Kolls, J., Borregaard, N., Porse, B., Berger, T., Mak, T. W., Cowland, J. B., Kong, X. & Gao, B. feb. 2015 I : Hepatology (Baltimore, Md.). 62, 2, s. 692-702

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

UPF2, a nonsense-mediated mRNA decay factor, is required for prepubertal Sertoli cell development and male fertility by ensuring fidelity of the transcriptome

Bao, J., Tang, C., Yuan, S., Porse, B. T. & Yan, W. 15 jan. 2015 I : Development. 142, 2, s. 352-62 11 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Cellular origin of prognostic chromosomal aberrations in AML patients

Mora-Jensen, H., Jendholm, J., Rapin, N., Andersen, M. K., Roug, A. S., Bagger, F. O., Bullinger, L., Winther, O., Borregaard, N., Porse, B. T. & Theilgaard-Mönch, K. 2015 I : Leukemia. 29, 8, s. 1785-1789

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

TGIF1 is a negative regulator of MLL-rearranged acute myeloid leukemia

Willer, A., Jakobsen, J. S., Ohlsson, E., Rapin, N., Waage, J., Billing, M., Bullinger, L., Karlsson, S. & Porse, B. T. 2015 I : Leukemia. 29, s. 1018-1031

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Oncogenic fusion proteins expressed in immature hematopoietic cells fail to recapitulate the transcriptional changes observed in human AML

Rapin, N. & Porse, B. T. 16 jun. 2014 I : Oncogenesis. 3, s. e106

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Matrix metalloproteinase 2 and membrane-type 1 matrix metalloproteinase co-regulate axonal outgrowth of mouse retinal ganglion cells

Gaublomme, D., Buyens, T., De Groef, L., Stakenborg, M., Janssens, E., Ingvarsen, S., Porse, A., Behrendt, N. & Moons, L. 27 mar. 2014 I : Journal of Neurochemistry. 129, 6, s. 966-79

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

spliceR: an R package for classification of alternative splicing and prediction of coding potential from RNA-seq data

Vitting-Seerup, K., Porse, B. T., Sandelin, A. G. & Waage, J. 23 mar. 2014 I : B M C Bioinformatics. 15, 1, s. 81

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Complex Determinants in Specific Members of the Mannose Receptor Family Govern Collagen Endocytosis

Jürgensen, H. J., Johansson, K. B. C., Madsen, D. H., Porse, A., Carlsen Melander, E. M., Nielsen, C., Sørensen, K. R., Bugge, T. H., Behrendt, N. & Engelholm, L. H. 14 mar. 2014 I : The Journal of biological chemistry. s. 7935-7947

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Regulation of Trib2 by an E2F1-C/EBPalpha feedback loop in AML cell proliferation

Rishi, L., Hannon, M., Salomè, M., Hasemann, M., Frank, A. K., Campos, J., Timoney, J., O'Connor, C., Cahill, M. R., Porse, B. & Keeshan, K. 10 feb. 2014 I : Blood. 123, 15, s. 2389-400

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

shRNA screening identifies JMJD1C as being required for leukemia maintenance

Sroczynska, P. A., Cruickshank, V. A. L., Bukowski, J-P., Miyagi, S., Bagger, F. O., Walfridsson, J., Schuster, M. B., Porse, B. & Helin, K. 5 feb. 2014 I : Blood. 123, 12, s. 1870-82

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Integrative analysis of histone ChIP-seq and transcription data using Bayesian mixture models

Klein, H-U., Schäfer, M., Porse, B. T., Hasemann, M. S., Ickstadt, K. & Dugas, M. 22 jan. 2014 I : Bioinformatics. 30, 8, s. 1154-62

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Initiation of MLL-rearranged AML is dependent on C/EBPα

Ohlsson, E., Hasemann, M. S., Willer, A., Lauridsen, F. K. B., Rapin, N., Jendholm, J. & Porse, B. T. 13 jan. 2014 I : Journal of Experimental Medicine. 211, 1, s. 5-13

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

C/EBPα Is Required for Long-Term Self-Renewal and Lineage Priming of Hematopoietic Stem Cells and for the Maintenance of Epigenetic Configurations in Multipotent Progenitors

Hasemann, M. S., Lauridsen, F. K. B., Waage, J., Jakobsen, J. S., Frank, A-K., Schuster, M. B., Rapin, N., Bagger, F. O., Hoppe, P. S., Schroeder, T. & Porse, B. T. jan. 2014 I : P L o S Genetics (Online). 10, 1, s. e1004079

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

C/EBPα Is Dispensable for the Ontogeny of PD-1+ CD4+ Memory T Cells but Restricts Their Expansion in an Age-Dependent Manner

Norrie, I. C., Ohlsson, E., Hasemann, M. S. & Porse, B. T. 2014 I : P L o S One. 9, 1, s. e84728

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Comparing cancer vs. normal gene expression profiles identifies new disease entities and common transcriptional programs in AML patients

Rapin, N., Bagger, F. O., Jendholm, J., Mora-Jensen, H., Krogh, A., Kohlmann, A., Thiede, C., Borregaard, N., Bullinger, L., Winther, O., Theilgaard-Mönch, K. & Porse, B. T. 2014 I : Blood. 123, 6, s. 894-904

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

The functional consequences of intron retention: Alternative splicing coupled to NMD as a regulator of gene expression

Ge, Y. & Porse, B. T. 2014 I : BioEssays. 36, 3, s. 236-43

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

A monoclonal antibody interferes with TIMP-2 binding and incapacitates the MMP-2-activating function of multifunctional, pro-tumorigenic MMP-14/MT1-MMP

Shiryaev, S. A., Remacle, A. G., Golubkov, V. S., Ingvarsen, S., Porse, A., Behrendt, N., Cieplak, P. & Strongin, A. Y. 2 dec. 2013 I : Oncogenesis. 2, s. e80

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

microRNA-9 targets the long non-coding RNA MALAT1 for degradation in the nucleus

Leucci, E., Patella, F., Waage, J., Holmstrøm, K., Lindow, M., Porse, B., Kauppinen, M. S. & Lund, A. H. 29 aug. 2013 I : Scientific Reports. 3, s. 2535

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

PRDM11 is dispensable for the maintenance and function of hematopoietic stem and progenitor cells

Thoren, L. A., Fog, C. K., Jensen, K. T., Buza-Vidas, N., Côme, C. R. M., Lund, A. H. & Porse, B. T. 9 aug. 2013 I : Stem Cell Research. 11, 3, s. 1129-1136 8 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Lack of the p42 form of C/EBPα leads to spontaneous immortalization and lineage infidelity of committed myeloid progenitors

Schuster, M. B., Frank, A. K., Bagger, F. O., Rapin, N., Vikesaa, J. & Porse, B. T. 2 jul. 2013 I : Experimental Hematology. 41, 10, s. 882-93

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Regulation of axon guidance by compartmentalized nonsense-mediated mRNA decay

Colak, D., Ji, S-J., Porse, B. T. & Jaffrey, S. R. 6 jun. 2013 I : Cell. 153, 6, s. 1252-65 14 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Targeting a single function of the multifunctional matrix metalloprotease MT1-MMP. Impact on lymphangiogenesis

Ingvarsen, S., Porse, A., Erpicum, C., Maertens, L., Jürgensen, H. J., Madsen, D. H., Carlsen Melander, E. M., Gårdsvoll, H., Høyer-Hansen, G., Noel, A., Holmbeck, K., Engelholm, L. H. & Behrendt, N. 12 apr. 2013 I : Journal of Biological Chemistry. 288, 15, s. 10195-204

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Temporal mapping of CEBPA and CEBPB binding during liver regeneration reveals dynamic occupancy and specific regulatory codes for homeostatic and cell cycle gene batteries

Jakobsen, J. S., Waage, J., Rapin, N., Bisgaard, H. C., Larsen, F. S. & Porse, B. T. apr. 2013 I : Genome Research. 23, 4, s. 592-603 12 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

HemaExplorer: a database of mRNA expression profiles in normal and malignant haematopoiesis

Bagger, F. O., Rapin, N., Theilgaard-Mönch, K., Kaczkowski, B., Thoren, L. A., Jendholm, J., Winther, O. & Porse, B. T. 2013 I : Nucleic Acids Research. 41, Database issue, s. D1034-9

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Allelic methylation levels of the noncoding VTRNA2-1 located on chromosome 5q31.1 predict outcome in AML

Treppendahl, M. B., Qiu, X., Søgaard, A., Yang, X., Nandrup-Bus, C., Hother, C., Andersen, M. K., Kjeldsen, L., Möllgaard, L., Hellström-Lindberg, E., Jendholm, J., Porse, B. T., Jones, P. A., Liang, G. & Grønbæk, K. 2012 I : Blood. 119, 1, s. 206-16 11 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

BLUEPRINT to decode the epigenetic signature written in blood

Adams, D., Altucci, L., Antonarakis, S. E., Ballesteros, J., Beck, S., Bird, A., Bock, C., Boehm, B., Campo, E., Caricasole, A., Dahl, F., Dermitzakis, E. T., Enver, T., Esteller, M., Estivill, X., Ferguson-Smith, A., Fitzgibbon, J., Flicek, P., Giehl, C., Graf, T., Grosveld, F., Guigo, R., Gut, I., Helin, K., Jarvius, J., Küppers, R., Lehrach, H., Lengauer, T., Lernmark, Å., Leslie, D., Loeffler, M., Macintyre, E., Mai, A., Martens, J. H. A., Minucci, S., Ouwehand, W. H., Pelicci, P. G., Pendeville, H., Porse, B., Rakyan, V., Reik, W., Schrappe, M., Schübeler, D., Seifert, M., Siebert, R., Simmons, D., Soranzo, N., Spicuglia, S., Stratton, M., Stunnenberg, H. G., Tanay, A., Torrents, D., Valencia, A., Vellenga, E., Vingron, M., Walter, J. & Willcocks, S. 2012 I : Nature Biotechnology. 30, 3, s. 224-6 3 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

HemaExplorer: a Web server for easy and fast visualization of gene expression in normal and malignant hematopoiesis

Bagger, F. O., Rapin, N., Theilgaard-Mönch, K., Kaczkowski, B., Jendholm, J., Winther, O. & Porse, B. 2012 I : Blood. 119, 26, s. 6394-5 2 s.

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Mammalian tissues defective in nonsense-mediated mRNA decay display highly aberrant splicing patterns

Weischenfeldt, J., Waage, J., Tian, G., Zhao, J., Damgaard, I., Jakobsen, J. S., Kristiansen, K., Krogh, A. S., Wang, J. & Porse, B. T. 2012 I : Genome Biology (Online Edition). 13, 5, s. R35

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review

Phosphorylation of serine 248 of C/EBPα is dispensable for myelopoiesis but its disruption leads to a low penetrant myeloid disorder with long latency

Hasemann, M. S., Schuster, M. B., Frank, A-K., Theilgaard-Mönch, K., Pedersen, T., Nerlov, C. & Porse, B. T. 2012 I : P L o S One. 7, 6, s. e38841

Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › peer review