Forskning
Udskriv Udskriv
Switch language
Region Hovedstaden - en del af Københavns Universitetshospital

Joachim Weischenfeldt

Phd. MSc

Københavns Biocenter, Ole Maaløes Vej 5

2200 København N

Danmark

  1. 2019
  2. E-pub ahead of print

    Response to Olaparib in a PALB2 Germline Mutated Prostate Cancer and Genetic Events Associated with Resistance

    Horak, P., Weischenfeldt, J., von Amsberg, G., Beyer, B., Schutte, A., Uhrig, S., Gieldon, L., Klink, B., Feuerbach, L., Hubschmann, D., Kreutzfeldt, S., Heining, C., Maier, S., Hutter, B., Penzel, R., Schlesner, M., Eils, R., Sauter, G., Stenzinger, A., Brors, B., Schröck, E., Glimm, H., Fröhling, S. & Schlomm, T., 4 mar. 2019, I : Cold Spring Harbor Molecular Case Studies.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  3. 2018
  4. Udgivet

    Molecular Evolution of Early-Onset Prostate Cancer Identifies Molecular Risk Markers and Clinical Trajectories

    Gerhauser, C., Favero, F., Risch, T., Simon, R., Feuerbach, L., Assenov, Y., Heckmann, D., Sidiropoulos, N., Waszak, S. M., Hübschmann, D., Urbanucci, A., Girma, E. G., Kuryshev, V., Klimczak, L. J., Saini, N., Stütz, A. M., Weichenhan, D., Böttcher, L-M., Toth, R., Hendriksen, J. D., Koop, C., Lutsik, P., Matzk, S., Warnatz, H-J., Amstislavskiy, V., Feuerstein, C., Raeder, B., Bogatyrova, O., Schmitz, E-M., Hube-Magg, C., Kluth, M., Huland, H., Graefen, M., Lawerenz, C., Henry, G. H., Yamaguchi, T. N., Malewska, A., Meiners, J., Schilling, D., Reisinger, E., Eils, R., Schlesner, M., Strand, D. W., Bristow, R. G., Boutros, P. C., von Kalle, C., Gordenin, D., Sültmann, H., Brors, B., Sauter, G., Plass, C., Yaspo, M-L., Korbel, J. O., Schlomm, T. & Weischenfeldt, J., 10 dec. 2018, I : Cancer Cell. 34, 6, s. 996-1011.e8

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  5. Udgivet

    Spectrum and prevalence of genetic predisposition in medulloblastoma: a retrospective genetic study and prospective validation in a clinical trial cohort

    Waszak, S. M., Northcott, P. A., Buchhalter, I., Robinson, G. W., Sutter, C., Groebner, S., Grund, K. B., Brugières, L., Jones, D. T. W., Pajtler, K. W., Morrissy, A. S., Kool, M., Sturm, D., Chavez, L., Ernst, A., Brabetz, S., Hain, M., Zichner, T., Segura-Wang, M., Weischenfeldt, J., Rausch, T., Mardin, B. R., Zhou, X., Baciu, C., Lawerenz, C., Chan, J. A., Varlet, P., Guerrini-Rousseau, L., Fults, D. W., Grajkowska, W., Hauser, P., Jabado, N., Ra, Y-S., Zitterbart, K., Shringarpure, S. S., De La Vega, F. M., Bustamante, C. D., Ng, H-K., Perry, A., MacDonald, T. J., Hernáiz Driever, P., Bendel, A. E., Bowers, D. C., McCowage, G., Chintagumpala, M. M., Cohn, R., Hassall, T., Fleischhack, G., Eggen, T., Wesenberg, F., Feychting, M., Lannering, B., Schüz, J., Johansen, C., Andersen, T. V., Röösli, M., Kuehni, C. E., Grotzer, M., Kjaerheim, K., Monoranu, C. M., Archer, T. C., Duke, E., Pomeroy, S. L., Shelagh, R., Frank, S., Sumerauer, D., Scheurlen, W., Ryzhova, M. V., Milde, T., Kratz, C. P., Samuel, D., Zhang, J., Solomon, D. A., Marra, M., Eils, R., Bartram, C. R., von Hoff, K., Rutkowski, S., Ramaswamy, V., Gilbertson, R. J., Korshunov, A., Taylor, M. D., Lichter, P., Malkin, D., Gajjar, A., Korbel, J. O. & Pfister, S. M., 1 jun. 2018, I : Lancet Oncology. 19, 6, s. 785-798

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  6. Udgivet

    The landscape of genomic alterations across childhood cancers

    Gröbner, S. N., Worst, B. C., Weischenfeldt, J., Buchhalter, I., Kleinheinz, K., Rudneva, V. A., Johann, P. D., Balasubramanian, G. P., Segura-Wang, M., Brabetz, S., Bender, S., Hutter, B., Sturm, D., Pfaff, E., Hübschmann, D., Zipprich, G., Heinold, M., Eils, J., Lawerenz, C., Erkek, S., Lambo, S., Waszak, S., Blattmann, C., Borkhardt, A., Kuhlen, M., Eggert, A., Fulda, S., Gessler, M., Wegert, J., Kappler, R., Baumhoer, D., Burdach, S., Kirschner-Schwabe, R., Kontny, U., Kulozik, A. E., Lohmann, D., Hettmer, S., Eckert, C., Bielack, S., Nathrath, M., Niemeyer, C., Richter, G. H., Schulte, J., Siebert, R., Westermann, F., Molenaar, J. J., Vassal, G., Witt, H., Burkhardt, B., Kratz, C. P. & ICGC PedBrain-Seq Project, 15 mar. 2018, I : Nature. 555, 7696, s. 321-327 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  7. Udgivet

    SvABA: genome-wide detection of structural variants and indels by local assembly

    Wala, J. A., Bandopadhayay, P., Greenwald, N., O'Rourke, R., Sharpe, T., Stewart, C., Schumacher, S., Li, Y., Weischenfeldt, J., Yao, X., Nusbaum, C., Campbell, P., Getz, G., Meyerson, M., Zhang, C-Z., Imielinski, M. & Beroukhim, R., 13 mar. 2018, I : Genome Research. 28, 4, s. 581-591

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  8. 2017
  9. Udgivet

    Mitochondrial mutations drive prostate cancer aggression

    Hopkins, J. F., Sabelnykova, V. Y., Weischenfeldt, J., Simon, R., Aguiar, J. A., Alkallas, R., Heisler, L. E., Zhang, J., Watson, J. D., Chua, M. L. K., Fraser, M., Favero, F., Lawerenz, C., Plass, C., Sauter, G., McPherson, J. D., van der Kwast, T., Korbel, J., Schlomm, T., Bristow, R. G. & Boutros, P. C., 22 sep. 2017, I : Nature Communications. 8, 1, s. e656

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  10. Udgivet

    Genomes of early onset prostate cancer

    Weischenfeldt, J. & Korbel, J. O., sep. 2017, I : Current Opinion in Urology. 27, 5, s. 481-487 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  11. Udgivet

    The whole-genome landscape of medulloblastoma subtypes

    Northcott, P. A., Buchhalter, I., Morrissy, A. S., Hovestadt, V., Weischenfeldt, J., Ehrenberger, T., Gröbner, S., Segura-Wang, M., Zichner, T., Rudneva, V. A., Warnatz, H-J., Sidiropoulos, N., Phillips, A. H., Schumacher, S., Kleinheinz, K., Waszak, S. M., Erkek, S., Jones, D. T. W., Worst, B. C., Kool, M., Zapatka, M., Jäger, N., Chavez, L., Hutter, B., Bieg, M., Paramasivam, N., Heinold, M., Gu, Z., Ishaque, N., Jäger-Schmidt, C., Imbusch, C. D., Jugold, A., Hübschmann, D., Risch, T., Amstislavskiy, V., Gonzalez, F. G. R., Weber, U. D., Wolf, S., Robinson, G. W., Zhou, X., Wu, G., Finkelstein, D., Liu, Y., Cavalli, F. M. G., Luu, B., Ramaswamy, V., Wu, X., Koster, J., Ryzhova, M., Cho, Y-J., Pomeroy, S. L., Herold-Mende, C., Schuhmann, M., Ebinger, M., Liau, L. M., Mora, J., McLendon, R. E., Jabado, N., Kumabe, T., Chuah, E., Ma, Y., Moore, R. A., Mungall, A. J., Mungall, K. L., Thiessen, N., Tse, K., Wong, T., Jones, S. J. M., Witt, O., Milde, T., Von Deimling, A., Capper, D., Korshunov, A., Yaspo, M-L., Kriwacki, R., Gajjar, A., Zhang, J., Beroukhim, R., Fraenkel, E., Korbel, J. O., Brors, B., Schlesner, M., Eils, R., Marra, M. A., Pfister, S. M., Taylor, M. D. & Lichter, P., 19 jul. 2017, I : Nature. 547, 7663, s. 311-317 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  12. Deletion lengthening at chromosomes 6q and 16q targets multiple tumor suppressor genes and is associated with an increasingly poor prognosis in prostate cancer

    Kluth, M., Jung, S., Habib, O., Eshagzaiy, M., Heinl, A., Amschler, N., Masser, S., Mader, M., Runte, F., Barow, P., Frogh, S., Omari, J., Möller-Koop, C., Hube-Magg, C., Weischenfeldt, J., Korbel, J., Steurer, S., Krech, T., Huland, H., Graefen, M., Minner, S., Sauter, G., Schlomm, T. & Simon, R., 1 jan. 2017, I : Oncotarget. 8, 65, s. 108923-108935 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  13. 2016
  14. Udgivet

    Pan-cancer analysis of somatic copy-number alterations implicates IRS4 and IGF2 in enhancer hijacking

    Weischenfeldt, J., Dubash, T., Drainas, A. P., Mardin, B. R., Chen, Y., Stütz, A. M., Waszak, S. M., Bosco, G., Halvorsen, A. R., Raeder, B., Efthymiopoulos, T., Erkek, S., Siegl, C., Brenner, H., Brustugun, O. T., Dieter, S. M., Northcott, P. A., Petersen, I., Pfister, S. M., Schneider, M., Solberg, S. K., Thunissen, E., Weichert, W., Zichner, T., Thomas, R., Peifer, M., Helland, A., Ball, C. R., Jechlinger, M., Sotillo, R., Glimm, H. & Korbel, J. O., 21 nov. 2016, I : Nature Genetics. 49, 1, s. 65-74

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  15. Heterogeneity of ERG expression in prostate cancer: A large section mapping study of entire prostatectomy specimens from 125 patients

    Tsourlakis, M. C., Stender, A., Quaas, A., Kluth, M., Wittmer, C., Haese, A., Graefen, M., Steurer, S., Simon, R., Korbel, J., Weischenfeldt, J., Huland, H., Sauter, G., Schlomm, T. & Minner, S., 17 aug. 2016, I : BMC Cancer. 16, 1, 641.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  16. Immortalization capacity of HPV types is inversely related to chromosomal instability

    Schütze, D. M., Krijgsman, O., Snijders, P. J. F., Ylstra, B., Weischenfeldt, J., Mardin, B. R., Stütz, A. M., Korbel, J. O., de Winter, J. P., Meijer, C. J. L. M., Quint, W. G. V., Bosch, L., Wilting, S. M. & Steenbergen, R. D. M., 1 jan. 2016, I : Oncotarget. 7, 25, s. 37608-37621 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  17. 2015
  18. Exome sequencing of osteosarcoma reveals mutation signatures reminiscent of BRCA deficiency

    Kovac, M., Blattmann, C., Ribi, S., Smida, J., Mueller, N. S., Engert, F., Castro-Giner, F., Weischenfeldt, J., Kovacova, M., Krieg, A., Andreou, D., Tunn, P. U., Dürr, H. R., Rechl, H., Schaser, K. D., Melcher, I., Burdach, S., Kulozik, A., Specht, K., Heinimann, K., Fulda, S., Bielack, S., Jundt, G., Tomlinson, I., Korbel, J. O., Nathrath, M. & Baumhoer, D., 3 dec. 2015, I : Nature Communications. 6, 8940.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  19. Pediatric T-cell lymphoblastic leukemia evolves into relapse by clonal selection, acquisition of mutations and promoter hypomethylation

    Kunz, J. B., Rausch, T., Bandapalli, O. R., Eilers, J., Pechanska, P., Schuessele, S., Assenov, Y., Stütz, A. M., Kirschner-Schwabe, R., Hof, J., Eckert, C., von Stackelberg, A., Schrappe, M., Stanulla, M., Koehler, R., Avigad, S., Elitzur, S., Handgretinger, R., Benes, V., Weischenfeldt, J., Korbel, J. O., Muckenthaler, M. U. & Kulozik, A. E., 31 okt. 2015, I : Haematologica. 100, 11, s. 1442-1450 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  20. A cell-based model system links chromothripsis with hyperploidy

    Mardin, B. R., Drainas, A. P., Waszak, S. M., Weischenfeldt, J., Isokane, M., Stütz, A. M., Raeder, B., Efthymiopoulos, T., Buccitelli, C., Segura-Wang, M., Northcott, P., Pfister, S. M., Lichter, P., Ellenberg, J. & Korbel, J. O., 1 sep. 2015, I : Molecular Systems Biology. 11, 9, 828.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  21. Prevalence of chromosomal rearrangements involving non-ETS genes in prostate cancer

    Kluth, M., Galal, R., Krohn, A., Weischenfeldt, J., Tsourlakis, C., Paustian, L., Ahrary, R., Ahmed, M., Scherzai, S., Meyer, A., Sirma, H., Korbel, J., Sauter, G., Schlomm, T., Simon, R. & Minner, S., 1 jan. 2015, I : International Journal of Oncology. 46, 4, s. 1637-1642 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  22. The Aging Prostate Is Never "Normal": Implications from the Genomic Characterization of Multifocal Prostate Cancers

    Schlomm, T., Weischenfeldt, J., Korbel, J. & Sauter, G., 1 jan. 2015, I : European Urology. 68, 3, s. 348-350 3 s., 6171.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  23. 2014
  24. TMPRSS2-ERG fusions are strongly linked to young patient age in low-grade prostate cancer

    Steurer, S., Mayer, P. S., Adam, M., Krohn, A., Koop, C., Ospina-Klinck, D., Tehrani, A. A., Simon, R., Tennstedt, P., Graefen, M., Wittmer, C., Brors, B., Plass, C., Korbel, J., Weischenfeldt, J., Sauter, G., Huland, H., Tsourlakis, M. C., Minner, S. & Schlomm, T., 1 dec. 2014, I : European Urology. 66, 6, s. 978-981 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  25. Intratumor DNA methylation heterogeneity reflects clonal evolution in aggressive prostate cancer

    Brocks, D., Assenov, Y., Minner, S., Bogatyrova, O., Simon, R., Koop, C., Oakes, C., Zucknick, M., Lipka, D. B., Weischenfeldt, J., Feuerbach, L., Cowper-Sallari, R., Lupien, M., Brors, B., Korbel, J., Schlomm, T., Tanay, A., Sauter, G., Gerhäuser, C. & Plass, C., 7 aug. 2014, I : Cell Reports. 8, 3, s. 798-806 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  26. 2013
  27. Integrative Genomic Analyses Reveal an Androgen-Driven Somatic Alteration Landscape in Early-Onset Prostate Cancer

    Weischenfeldt, J., Simon, R., Feuerbach, L., Schlangen, K., Weichenhan, D., Minner, S., Wuttig, D., Warnatz, H. J., Stehr, H., Rausch, T., Jäger, N., Gu, L., Bogatyrova, O., Stütz, A. M., Claus, R., Eils, J., Eils, R., Gerhäuser, C., Huang, P. H., Hutter, B., Kabbe, R., Lawerenz, C., Radomski, S., Bartholomae, C. C., Fälth, M., Gade, S., Schmidt, M., Amschler, N., Haß, T., Galal, R., Gjoni, J., Kuner, R., Baer, C., Masser, S., von Kalle, C., Zichner, T., Benes, V., Raeder, B., Mader, M., Amstislavskiy, V., Avci, M., Lehrach, H., Parkhomchuk, D., Sultan, M., Burkhardt, L., Graefen, M., Huland, H., Kluth, M., Krohn, A. & Sirma, H., 11 feb. 2013, I : Cancer Cell. 23, 2, s. 159-170 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  28. Phenotypic impact of genomic structural variation: Insights from and for human disease

    Weischenfeldt, J., Symmons, O., Spitz, F. & Korbel, J. O., 1 feb. 2013, I : Nature Reviews Genetics. 14, 2, s. 125-138 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningpeer review

  29. 2012
  30. Dissecting the genomic complexity underlying medulloblastoma

    ICGC PedBrain-Seq Project, 2 aug. 2012, I : Nature. 488, 7409, s. 100-105 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  31. Genome sequencing of pediatric medulloblastoma links catastrophic DNA rearrangements with TP53 mutations

    Rausch, T., Jones, D. T. W., Zapatka, M., Stütz, A. M., Zichner, T., Weischenfeldt, J., Jäger, N., Remke, M., Shih, D., Northcott, P. A., Pfaff, E., Tica, J., Wang, Q., Massimi, L., Witt, H., Bender, S., Pleier, S., Cin, H., Hawkins, C., Beck, C., Von Deimling, A., Hans, V., Brors, B., Eils, R., Scheurlen, W., Blake, J., Benes, V., Kulozik, A. E., Witt, O., Martin, D., Zhang, C., Porat, R., Merino, D. M., Wasserman, J., Jabado, N., Fontebasso, A., Bullinger, L., Rücker, F. G., Döhner, K., Döhner, H., Koster, J., Molenaar, J. J., Versteeg, R., Kool, M., Tabori, U., Malkin, D., Korshunov, A., Taylor, M. D., Lichter, P. & Pfister, S. M., 20 jan. 2012, I : Cell. 148, 1-2, s. 59-71 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  32. Udgivet

    Mammalian tissues defective in nonsense-mediated mRNA decay display highly aberrant splicing patterns

    Weischenfeldt, J., Waage, J., Tian, G., Zhao, J., Damgaard, I., Jakobsen, J. S., Kristiansen, K., Krogh, A. S., Wang, J. & Porse, B. T., 2012, I : Genome Biology (Online Edition). 13, 5, s. R35

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  33. 2008
  34. Bone marrow-derived macrophages (BMM): Isolation and applications

    Weischenfeldt, J. & Porse, B., 1 dec. 2008, I : Cold Spring Harbor Protocols. 3, 12

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  35. Udgivet

    NMD is essential for hematopoietic stem and progenitor cells and for eliminating by-products of programmed DNA rearrangements

    Weischenfeldt, J., Damgaard, I., Bryder, D., Theilgaard-Mönch, K., Thoren, L. A., Nielsen, F. C., Jacobsen, S. E. W., Nerlov, C. & Porse, B. T., 15 maj 2008, I : Genes and Development. 22, 10, s. 1381-1396 16 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  36. 2005
  37. Udgivet

    Messenger RNA surveillance: Neutralizing natural nonsense

    Weischenfeldt, J., Lykke-Andersen, J. & Porse, B., 26 jul. 2005, I : Current Biology. 15, 14

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

ID: 38676074