Forskning
Udskriv Udskriv
Switch language
Region Hovedstaden - en del af Københavns Universitetshospital
  1. 2020
  2. Udgivet

    Pan-cancer analysis of whole genomes identifies driver rearrangements promoted by LINE-1 retrotransposition

    PCAWG-Structural Variation Working Group, 5 feb. 2020, I : Nature Genetics.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  3. Udgivet

    Analyses of non-coding somatic drivers in 2,658 cancer whole genomes

    PCAWG Drivers and Functional Interpretation Working Group, feb. 2020, I : Nature. 578, 7793, s. 102-111 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  4. Udgivet

    Patterns of somatic structural variation in human cancer genomes

    PCAWG-Structural Variation Working Group, feb. 2020, I : Nature. 578, 7793, s. 112-121 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  5. Udgivet

    Clonal hematopoiesis in elderly twins: concordance, discordance and mortality

    Hansen, J. W., Pedersen, D. A., Larsen, L. A., Husby, S., Clemmensen, S. B., Hjelmborg, J., Favero, F., Weischenfeldt, J., Christensen, K. & Grønbæk, K., 2020, I : Blood. 135, 4, s. 261-268

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  6. 2019
  7. Udgivet

    A Novel Gene Signature-Based Model Predicts Biochemical Recurrence-Free Survival in Prostate Cancer Patients after Radical Prostatectomy

    Shi, R., Bao, X., Weischenfeldt, J., Schaefer, C., Rogowski, P., Schmidt-Hegemann, N-S., Unger, K., Lauber, K., Wang, X., Buchner, A., Stief, C., Schlomm, T., Belka, C. & Li, M., 18 dec. 2019, I : Cancers. 12, 1

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  8. Udgivet

    Regulation of ETAA1-mediated ATR activation couples DNA replication fidelity and genome stability

    Achuthankutty, D., Thakur, R. S., Haahr, P., Hoffmann, S., Drainas, A. P., Bizard, A. H., Weischenfeldt, J., Hickson, I. D. & Mailand, N., 2 dec. 2019, I : Journal of Cell Biology. 218, 12, s. 3943-3953 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  9. Udgivet

    Response to Olaparib in a PALB2 Germline Mutated Prostate Cancer and Genetic Events Associated with Resistance

    Horak, P., Weischenfeldt, J., von Amsberg, G., Beyer, B., Schutte, A., Uhrig, S., Gieldon, L., Klink, B., Feuerbach, L., Hubschmann, D., Kreutzfeldt, S., Heining, C., Maier, S., Hutter, B., Penzel, R., Schlesner, M., Eils, R., Sauter, G., Stenzinger, A., Brors, B., Schröck, E., Glimm, H., Fröhling, S. & Schlomm, T., 2019, I : Cold Spring Harbor Molecular Case Studies. 5, 2, s. a003657

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  10. 2018
  11. Udgivet

    Molecular Evolution of Early-Onset Prostate Cancer Identifies Molecular Risk Markers and Clinical Trajectories

    Gerhauser, C., Favero, F., Risch, T., Simon, R., Feuerbach, L., Assenov, Y., Heckmann, D., Sidiropoulos, N., Waszak, S. M., Hübschmann, D., Urbanucci, A., Girma, E. G., Kuryshev, V., Klimczak, L. J., Saini, N., Stütz, A. M., Weichenhan, D., Böttcher, L-M., Toth, R., Hendriksen, J. D., Koop, C., Lutsik, P., Matzk, S., Warnatz, H-J., Amstislavskiy, V., Feuerstein, C., Raeder, B., Bogatyrova, O., Schmitz, E-M., Hube-Magg, C., Kluth, M., Huland, H., Graefen, M., Lawerenz, C., Henry, G. H., Yamaguchi, T. N., Malewska, A., Meiners, J., Schilling, D., Reisinger, E., Eils, R., Schlesner, M., Strand, D. W., Bristow, R. G., Boutros, P. C., von Kalle, C., Gordenin, D., Sültmann, H., Brors, B., Sauter, G., Plass, C., Yaspo, M-L., Korbel, J. O., Schlomm, T. & Weischenfeldt, J., 10 dec. 2018, I : Cancer Cell. 34, 6, s. 996-1011.e8

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  12. Udgivet

    Spectrum and prevalence of genetic predisposition in medulloblastoma: a retrospective genetic study and prospective validation in a clinical trial cohort

    Waszak, S. M., Northcott, P. A., Buchhalter, I., Robinson, G. W., Sutter, C., Groebner, S., Grund, K. B., Brugières, L., Jones, D. T. W., Pajtler, K. W., Morrissy, A. S., Kool, M., Sturm, D., Chavez, L., Ernst, A., Brabetz, S., Hain, M., Zichner, T., Segura-Wang, M., Weischenfeldt, J., Rausch, T., Mardin, B. R., Zhou, X., Baciu, C., Lawerenz, C., Chan, J. A., Varlet, P., Guerrini-Rousseau, L., Fults, D. W., Grajkowska, W., Hauser, P., Jabado, N., Ra, Y-S., Zitterbart, K., Shringarpure, S. S., De La Vega, F. M., Bustamante, C. D., Ng, H-K., Perry, A., MacDonald, T. J., Hernáiz Driever, P., Bendel, A. E., Bowers, D. C., McCowage, G., Chintagumpala, M. M., Cohn, R., Hassall, T., Fleischhack, G., Eggen, T., Wesenberg, F., Feychting, M., Lannering, B., Schüz, J., Johansen, C., Andersen, T. V., Röösli, M., Kuehni, C. E., Grotzer, M., Kjaerheim, K., Monoranu, C. M., Archer, T. C., Duke, E., Pomeroy, S. L., Shelagh, R., Frank, S., Sumerauer, D., Scheurlen, W., Ryzhova, M. V., Milde, T., Kratz, C. P., Samuel, D., Zhang, J., Solomon, D. A., Marra, M., Eils, R., Bartram, C. R., von Hoff, K., Rutkowski, S., Ramaswamy, V., Gilbertson, R. J., Korshunov, A., Taylor, M. D., Lichter, P., Malkin, D., Gajjar, A., Korbel, J. O. & Pfister, S. M., 1 jun. 2018, I : Lancet Oncology. 19, 6, s. 785-798

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  13. Udgivet

    The landscape of genomic alterations across childhood cancers

    Gröbner, S. N., Worst, B. C., Weischenfeldt, J., Buchhalter, I., Kleinheinz, K., Rudneva, V. A., Johann, P. D., Balasubramanian, G. P., Segura-Wang, M., Brabetz, S., Bender, S., Hutter, B., Sturm, D., Pfaff, E., Hübschmann, D., Zipprich, G., Heinold, M., Eils, J., Lawerenz, C., Erkek, S., Lambo, S., Waszak, S., Blattmann, C., Borkhardt, A., Kuhlen, M., Eggert, A., Fulda, S., Gessler, M., Wegert, J., Kappler, R., Baumhoer, D., Burdach, S., Kirschner-Schwabe, R., Kontny, U., Kulozik, A. E., Lohmann, D., Hettmer, S., Eckert, C., Bielack, S., Nathrath, M., Niemeyer, C., Richter, G. H., Schulte, J., Siebert, R., Westermann, F., Molenaar, J. J., Vassal, G., Witt, H., Burkhardt, B., Kratz, C. P. & ICGC PedBrain-Seq Project, 15 mar. 2018, I : Nature. 555, 7696, s. 321-327 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  14. Udgivet

    SvABA: genome-wide detection of structural variants and indels by local assembly

    Wala, J. A., Bandopadhayay, P., Greenwald, N., O'Rourke, R., Sharpe, T., Stewart, C., Schumacher, S., Li, Y., Weischenfeldt, J., Yao, X., Nusbaum, C., Campbell, P., Getz, G., Meyerson, M., Zhang, C-Z., Imielinski, M. & Beroukhim, R., 13 mar. 2018, I : Genome Research. 28, 4, s. 581-591

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  15. 2017
  16. Udgivet

    Mitochondrial mutations drive prostate cancer aggression

    Hopkins, J. F., Sabelnykova, V. Y., Weischenfeldt, J., Simon, R., Aguiar, J. A., Alkallas, R., Heisler, L. E., Zhang, J., Watson, J. D., Chua, M. L. K., Fraser, M., Favero, F., Lawerenz, C., Plass, C., Sauter, G., McPherson, J. D., van der Kwast, T., Korbel, J., Schlomm, T., Bristow, R. G. & Boutros, P. C., 22 sep. 2017, I : Nature Communications. 8, 1, s. e656

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  17. Udgivet

    Genomes of early onset prostate cancer

    Weischenfeldt, J. & Korbel, J. O., sep. 2017, I : Current Opinion in Urology. 27, 5, s. 481-487 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  18. Udgivet

    The whole-genome landscape of medulloblastoma subtypes

    Northcott, P. A., Buchhalter, I., Morrissy, A. S., Hovestadt, V., Weischenfeldt, J., Ehrenberger, T., Gröbner, S., Segura-Wang, M., Zichner, T., Rudneva, V. A., Warnatz, H-J., Sidiropoulos, N., Phillips, A. H., Schumacher, S., Kleinheinz, K., Waszak, S. M., Erkek, S., Jones, D. T. W., Worst, B. C., Kool, M., Zapatka, M., Jäger, N., Chavez, L., Hutter, B., Bieg, M., Paramasivam, N., Heinold, M., Gu, Z., Ishaque, N., Jäger-Schmidt, C., Imbusch, C. D., Jugold, A., Hübschmann, D., Risch, T., Amstislavskiy, V., Gonzalez, F. G. R., Weber, U. D., Wolf, S., Robinson, G. W., Zhou, X., Wu, G., Finkelstein, D., Liu, Y., Cavalli, F. M. G., Luu, B., Ramaswamy, V., Wu, X., Koster, J., Ryzhova, M., Cho, Y-J., Pomeroy, S. L., Herold-Mende, C., Schuhmann, M., Ebinger, M., Liau, L. M., Mora, J., McLendon, R. E., Jabado, N., Kumabe, T., Chuah, E., Ma, Y., Moore, R. A., Mungall, A. J., Mungall, K. L., Thiessen, N., Tse, K., Wong, T., Jones, S. J. M., Witt, O., Milde, T., Von Deimling, A., Capper, D., Korshunov, A., Yaspo, M-L., Kriwacki, R., Gajjar, A., Zhang, J., Beroukhim, R., Fraenkel, E., Korbel, J. O., Brors, B., Schlesner, M., Eils, R., Marra, M. A., Pfister, S. M., Taylor, M. D. & Lichter, P., 19 jul. 2017, I : Nature. 547, 7663, s. 311-317 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  19. Deletion lengthening at chromosomes 6q and 16q targets multiple tumor suppressor genes and is associated with an increasingly poor prognosis in prostate cancer

    Kluth, M., Jung, S., Habib, O., Eshagzaiy, M., Heinl, A., Amschler, N., Masser, S., Mader, M., Runte, F., Barow, P., Frogh, S., Omari, J., Möller-Koop, C., Hube-Magg, C., Weischenfeldt, J., Korbel, J., Steurer, S., Krech, T., Huland, H., Graefen, M., Minner, S., Sauter, G., Schlomm, T. & Simon, R., 1 jan. 2017, I : Oncotarget. 8, 65, s. 108923-108935 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  20. 2016
  21. Udgivet

    Pan-cancer analysis of somatic copy-number alterations implicates IRS4 and IGF2 in enhancer hijacking

    Weischenfeldt, J., Dubash, T., Drainas, A. P., Mardin, B. R., Chen, Y., Stütz, A. M., Waszak, S. M., Bosco, G., Halvorsen, A. R., Raeder, B., Efthymiopoulos, T., Erkek, S., Siegl, C., Brenner, H., Brustugun, O. T., Dieter, S. M., Northcott, P. A., Petersen, I., Pfister, S. M., Schneider, M., Solberg, S. K., Thunissen, E., Weichert, W., Zichner, T., Thomas, R., Peifer, M., Helland, A., Ball, C. R., Jechlinger, M., Sotillo, R., Glimm, H. & Korbel, J. O., 21 nov. 2016, I : Nature Genetics. 49, 1, s. 65-74

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  22. Heterogeneity of ERG expression in prostate cancer: A large section mapping study of entire prostatectomy specimens from 125 patients

    Tsourlakis, M. C., Stender, A., Quaas, A., Kluth, M., Wittmer, C., Haese, A., Graefen, M., Steurer, S., Simon, R., Korbel, J., Weischenfeldt, J., Huland, H., Sauter, G., Schlomm, T. & Minner, S., 17 aug. 2016, I : BMC Cancer. 16, 1, 641.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  23. Immortalization capacity of HPV types is inversely related to chromosomal instability

    Schütze, D. M., Krijgsman, O., Snijders, P. J. F., Ylstra, B., Weischenfeldt, J., Mardin, B. R., Stütz, A. M., Korbel, J. O., de Winter, J. P., Meijer, C. J. L. M., Quint, W. G. V., Bosch, L., Wilting, S. M. & Steenbergen, R. D. M., 1 jan. 2016, I : Oncotarget. 7, 25, s. 37608-37621 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  24. 2015
  25. Exome sequencing of osteosarcoma reveals mutation signatures reminiscent of BRCA deficiency

    Kovac, M., Blattmann, C., Ribi, S., Smida, J., Mueller, N. S., Engert, F., Castro-Giner, F., Weischenfeldt, J., Kovacova, M., Krieg, A., Andreou, D., Tunn, P. U., Dürr, H. R., Rechl, H., Schaser, K. D., Melcher, I., Burdach, S., Kulozik, A., Specht, K., Heinimann, K., Fulda, S., Bielack, S., Jundt, G., Tomlinson, I., Korbel, J. O., Nathrath, M. & Baumhoer, D., 3 dec. 2015, I : Nature Communications. 6, 8940.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  26. Pediatric T-cell lymphoblastic leukemia evolves into relapse by clonal selection, acquisition of mutations and promoter hypomethylation

    Kunz, J. B., Rausch, T., Bandapalli, O. R., Eilers, J., Pechanska, P., Schuessele, S., Assenov, Y., Stütz, A. M., Kirschner-Schwabe, R., Hof, J., Eckert, C., von Stackelberg, A., Schrappe, M., Stanulla, M., Koehler, R., Avigad, S., Elitzur, S., Handgretinger, R., Benes, V., Weischenfeldt, J., Korbel, J. O., Muckenthaler, M. U. & Kulozik, A. E., 31 okt. 2015, I : Haematologica. 100, 11, s. 1442-1450 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  27. A cell-based model system links chromothripsis with hyperploidy

    Mardin, B. R., Drainas, A. P., Waszak, S. M., Weischenfeldt, J., Isokane, M., Stütz, A. M., Raeder, B., Efthymiopoulos, T., Buccitelli, C., Segura-Wang, M., Northcott, P., Pfister, S. M., Lichter, P., Ellenberg, J. & Korbel, J. O., 1 sep. 2015, I : Molecular Systems Biology. 11, 9, 828.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  28. Prevalence of chromosomal rearrangements involving non-ETS genes in prostate cancer

    Kluth, M., Galal, R., Krohn, A., Weischenfeldt, J., Tsourlakis, C., Paustian, L., Ahrary, R., Ahmed, M., Scherzai, S., Meyer, A., Sirma, H., Korbel, J., Sauter, G., Schlomm, T., Simon, R. & Minner, S., 1 jan. 2015, I : International Journal of Oncology. 46, 4, s. 1637-1642 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  29. The Aging Prostate Is Never "Normal": Implications from the Genomic Characterization of Multifocal Prostate Cancers

    Schlomm, T., Weischenfeldt, J., Korbel, J. & Sauter, G., 1 jan. 2015, I : European Urology. 68, 3, s. 348-350 3 s., 6171.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  30. 2014
  31. TMPRSS2-ERG fusions are strongly linked to young patient age in low-grade prostate cancer

    Steurer, S., Mayer, P. S., Adam, M., Krohn, A., Koop, C., Ospina-Klinck, D., Tehrani, A. A., Simon, R., Tennstedt, P., Graefen, M., Wittmer, C., Brors, B., Plass, C., Korbel, J., Weischenfeldt, J., Sauter, G., Huland, H., Tsourlakis, M. C., Minner, S. & Schlomm, T., 1 dec. 2014, I : European Urology. 66, 6, s. 978-981 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  32. Intratumor DNA methylation heterogeneity reflects clonal evolution in aggressive prostate cancer

    Brocks, D., Assenov, Y., Minner, S., Bogatyrova, O., Simon, R., Koop, C., Oakes, C., Zucknick, M., Lipka, D. B., Weischenfeldt, J., Feuerbach, L., Cowper-Sallari, R., Lupien, M., Brors, B., Korbel, J., Schlomm, T., Tanay, A., Sauter, G., Gerhäuser, C. & Plass, C., 7 aug. 2014, I : Cell Reports. 8, 3, s. 798-806 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  33. 2013
  34. Integrative Genomic Analyses Reveal an Androgen-Driven Somatic Alteration Landscape in Early-Onset Prostate Cancer

    Weischenfeldt, J., Simon, R., Feuerbach, L., Schlangen, K., Weichenhan, D., Minner, S., Wuttig, D., Warnatz, H. J., Stehr, H., Rausch, T., Jäger, N., Gu, L., Bogatyrova, O., Stütz, A. M., Claus, R., Eils, J., Eils, R., Gerhäuser, C., Huang, P. H., Hutter, B., Kabbe, R., Lawerenz, C., Radomski, S., Bartholomae, C. C., Fälth, M., Gade, S., Schmidt, M., Amschler, N., Haß, T., Galal, R., Gjoni, J., Kuner, R., Baer, C., Masser, S., von Kalle, C., Zichner, T., Benes, V., Raeder, B., Mader, M., Amstislavskiy, V., Avci, M., Lehrach, H., Parkhomchuk, D., Sultan, M., Burkhardt, L., Graefen, M., Huland, H., Kluth, M., Krohn, A. & Sirma, H., 11 feb. 2013, I : Cancer Cell. 23, 2, s. 159-170 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  35. Phenotypic impact of genomic structural variation: Insights from and for human disease

    Weischenfeldt, J., Symmons, O., Spitz, F. & Korbel, J. O., 1 feb. 2013, I : Nature Reviews Genetics. 14, 2, s. 125-138 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningpeer review

  36. 2012
  37. Dissecting the genomic complexity underlying medulloblastoma

    ICGC PedBrain-Seq Project, 2 aug. 2012, I : Nature. 488, 7409, s. 100-105 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  38. Genome sequencing of pediatric medulloblastoma links catastrophic DNA rearrangements with TP53 mutations

    Rausch, T., Jones, D. T. W., Zapatka, M., Stütz, A. M., Zichner, T., Weischenfeldt, J., Jäger, N., Remke, M., Shih, D., Northcott, P. A., Pfaff, E., Tica, J., Wang, Q., Massimi, L., Witt, H., Bender, S., Pleier, S., Cin, H., Hawkins, C., Beck, C., Von Deimling, A., Hans, V., Brors, B., Eils, R., Scheurlen, W., Blake, J., Benes, V., Kulozik, A. E., Witt, O., Martin, D., Zhang, C., Porat, R., Merino, D. M., Wasserman, J., Jabado, N., Fontebasso, A., Bullinger, L., Rücker, F. G., Döhner, K., Döhner, H., Koster, J., Molenaar, J. J., Versteeg, R., Kool, M., Tabori, U., Malkin, D., Korshunov, A., Taylor, M. D., Lichter, P. & Pfister, S. M., 20 jan. 2012, I : Cell. 148, 1-2, s. 59-71 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  39. Udgivet

    Mammalian tissues defective in nonsense-mediated mRNA decay display highly aberrant splicing patterns

    Weischenfeldt, J., Waage, J., Tian, G., Zhao, J., Damgaard, I., Jakobsen, J. S., Kristiansen, K., Krogh, A. S., Wang, J. & Porse, B. T., 2012, I : Genome Biology (Online Edition). 13, 5, s. R35

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  40. 2008
  41. Bone marrow-derived macrophages (BMM): Isolation and applications

    Weischenfeldt, J. & Porse, B., 1 dec. 2008, I : Cold Spring Harbor Protocols. 3, 12

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  42. Udgivet

    NMD is essential for hematopoietic stem and progenitor cells and for eliminating by-products of programmed DNA rearrangements

    Weischenfeldt, J., Damgaard, I., Bryder, D., Theilgaard-Mönch, K., Thoren, L. A., Nielsen, F. C., Jacobsen, S. E. W., Nerlov, C. & Porse, B. T., 15 maj 2008, I : Genes and Development. 22, 10, s. 1381-1396 16 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

  43. 2005
  44. Udgivet

    Messenger RNA surveillance: Neutralizing natural nonsense

    Weischenfeldt, J., Lykke-Andersen, J. & Porse, B., 26 jul. 2005, I : Current Biology. 15, 14

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningpeer review

ID: 38676074