Forskning
Udskriv Udskriv
Switch language
Afdeling for Genomisk Medicin - en del af Københavns Universitetshospital
  1. 2022
  2. Udgivet

    cyCombine allows for robust integration of single-cell cytometry datasets within and across technologies

    Pedersen, C. B., Dam, S. H., Barnkob, M. B., Leipold, M. D., Purroy, N., Rassenti, L. Z., Kipps, T. J., Nguyen, J., Lederer, J. A., Gohil, S. H., Wu, C. J. & Olsen, L. R., dec. 2022, I: Nature Communications. 13, 1, 1698.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelpeer review

  3. Udgivet
  4. Udgivet
  5. Udgivet

    von Hippel-Lindau disease: Updated guideline for diagnosis and surveillance

    Louise M Binderup, M., Smerdel, M., Borgwadt, L., Beck Nielsen, S. S., Madsen, M. G., Møller, H. U., Kiilgaard, J. F., Friis-Hansen, L., Harbud, V., Cortnum, S., Owen, H., Gimsing, S., Friis Juhl, H. A., Munthe, S., Geilswijk, M., Rasmussen, Å. K., Møldrup, U., Graumann, O., Donskov, F., Grønbæk, H. & 11 flere, Stausbøl-Grøn, B., Schaffalitzky de Muckadell, O., Knigge, U., Dam, G., Wadt, K. A., Bøgeskov, L., Bagi, P., Lund, L., Stochholm, K., Ousager, L. B. & Sunde, L., aug. 2022, I: European Journal of Medical Genetics. 65, 8, 104538.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelpeer review

  6. E-pub ahead of print

    Clinical implications of genetic testing in familial intermediate and late-onset colorectal cancer

    Djursby, M., Hansen, T. V. O., Wadt, K. A. W., Madsen, M. B., Berchtold, L. A., Lautrup, C. K., Markholt, S., Jensen, U. B., Krogh, L. N., Lundsgaard, M., Gerdes, A. M., Nilbert, M. & Therkildsen, C., 29 jul. 2022, (E-pub ahead of print) I: Human Genetics.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelpeer review

  7. Udgivet

    DeepLoc 2.0: Multi-label subcellular localization prediction using protein language models

    Thumuluri, V., Almagro Armenteros, J. J., Johansen, A. R., Nielsen, H. & Winther, O., 5 jul. 2022, I: Nucleic Acids Research. 50, W1, s. W228-W234

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelpeer review

  8. Udgivet

    NetSurfP-3.0: accurate and fast prediction of protein structural features by protein language models and deep learning

    Høie, M. H., Kiehl, E. N., Petersen, B., Nielsen, M., Winther, O., Nielsen, H., Hallgren, J. & Marcatili, P., 5 jul. 2022, I: Nucleic Acids Research. 50, W1, s. W510-W515

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelpeer review

  9. Udgivet

    Reversal of viral and epigenetic HLA class I repression in Merkel cell carcinoma

    Lee, P. C., Klaeger, S., Le, P. M., Korthauer, K., Cheng, J., Ananthapadmanabhan, V., Frost, T. C., Stevens, J. D., Wong, A. Y., Iorgulescu, J. B., Tarren, A. Y., Chea, V. A., Carulli, I. P., Lemvigh, C. K., Pedersen, C. B., Gartin, A. K., Sarkizova, S., Wright, K. T., Li, L. W., Nomburg, J. & 26 flere, Li, S., Huang, T., Liu, X., Pomerance, L., Doherty, L. M., Apffel, A. M., Wallace, L. J., Rachimi, S., Felt, K. D., Wolff, J. O., Witten, E., Zhang, W., Neuberg, D., Lane, W. J., Zhang, G., Olsen, L. R., Thakuria, M., Rodig, S. J., Clauser, K. R., Starrett, G. J., Doench, J. G., Buhrlage, S. J., Carr, S. A., DeCaprio, J. A., Wu, C. J. & Keskin, D. B., 1 jul. 2022, I: The Journal of clinical investigation. 132, 13, e151666.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelpeer review

  10. Udgivet
  11. Udgivet

    Polymicrobial infections can select against Pseudomonas aeruginosa mutators because of quorum-sensing trade-offs

    Luján, A. M., Paterson, S., Hesse, E., Sommer, L. M., Marvig, R. L., Sharma, M. D., Alseth, E. O., Ciofu, O., Smania, A. M., Molin, S., Johansen, H. K. & Buckling, A., jul. 2022, I: Nature ecology & evolution. 6, 7, s. 979-988 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelpeer review

  12. Udgivet

    SignalP 6.0 predicts all five types of signal peptides using protein language models

    Teufel, F., Almagro Armenteros, J. J., Johansen, A. R., Gíslason, M. H., Pihl, S. I., Tsirigos, K. D., Winther, O., Brunak, S., von Heijne, G. & Nielsen, H., jul. 2022, I: Nature Biotechnology. 40, 7, s. 1023-1025 3 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelpeer review

  13. E-pub ahead of print
  14. Udgivet

    Life-threatening viral disease in a novel form of autosomal recessive IFNAR2 deficiency in the Arctic

    Duncan, C. J. A., Skouboe, M. K., Howarth, S., Hollensen, A. K., Chen, R., Børresen, M. L., Thompson, B. J., Stremenova Spegarova, J., Hatton, C. F., Stæger, F. F., Andersen, M. K., Whittaker, J., Paludan, S. R., Jørgensen, S. E., Thomsen, M. K., Mikkelsen, J. G., Heilmann, C., Buhas, D., Øbro, N. F., Bay, J. T. & 17 flere, Marquart, H. V., de la Morena, M. T., Klejka, J. A., Hirschfeld, M., Borgwardt, L., Forss, I., Masmas, T., Poulsen, A., Noya, F., Rouleau, G., Hansen, T., Zhou, S., Albrechtsen, A., Alizadehfar, R., Allenspach, E. J., Hambleton, S. & Mogensen, T. H., 6 jun. 2022, I: Journal of Experimental Medicine. 219, 6, e20212427.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelpeer review

  15. Udgivet
  16. Udgivet
  17. Udgivet
  18. Udgivet

    Viral and Genomic Drivers of Squamous Cell Neoplasms Arising in the Lacrimal Drainage System

    Ramberg, I., Vieira, F. G., Toft, P. B., von Buchwald, C. & Heegaard, S., 23 maj 2022, I: Cancers. 14, 10, s. 2558 2558.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelpeer review

  19. Udgivet

    Introduction and transmission of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7, Alpha variant, in Denmark

    Danish COVID-19 Genome Consortium (DCGC), 4 maj 2022, I: Genome Medicine. 14, 1, s. 1-13 13 s., 47.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelpeer review

  20. Udgivet

    Fatal JC-virus Granular Cerebellar Neuronopathy in a Patient Diagnosed with ALPS and Hypogammaglobulinemia

    Helweg-Larsen, J., Rasmussen, M., Marquart, H. V., Kondziella, D., Marvig, R. L., Rosenstierne, M. W., Bay, J. T., Ryder, L. P., Gjerdrum, L. M. R., Bangsgaard, R., Gideon, P., Sellebjerg, F. T., Fomsgaard, A. & PIDVIR Consortium, maj 2022, I: Journal of Clinical Immunology. 42, 4, s. 869-872 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelpeer review

  21. Udgivet
  22. Udgivet

    H3K9 dimethylation safeguards cancer cells against activation of the interferon pathway

    Hansen, A. M., Ge, Y., Schuster, M. B., Pundhir, S., Jakobsen, J. S., Kalvisa, A., Tapia, M. C., Gordon, S., Ambri, F., Bagger, F. O., Pandey, D., Helin, K. & Porse, B. T., 18 mar. 2022, I: Science Advances. 8, 11, s. eabf8627 abf8627.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelpeer review

  23. Udgivet

    Molecular epidemiology of the SARS-CoV-2 variant Omicron BA.2 sub-lineage in Denmark, 29 November 2021 to 2 January 2022

    Fonager, J., Bennedbæk, M., Bager, P., Wohlfahrt, J., Ellegaard, K. M., Ingham, A. C., Edslev, S. M., Stegger, M., Sieber, R. N., Lassauniere, R., Fomsgaard, A., Lillebaek, T., Svarrer, C. W., Møller, F. T., Møller, C. H., Legarth, R., Sydenham, T. V., Steinke, K., Paulsen, S. J., Castruita, J. A. S. & 15 flere, Schneider, U. V., Schouw, C. H., Nielsen, X. C., Overvad, M., Nielsen, R. T., Marvig, R. L., Pedersen, M. S., Nielsen, L., Nilsson, L. L., Bybjerg-Grauholm, J., Tarpgaard, I. H., Ebsen, T. S., Lam, J. U. H., Gunalan, V. & Rasmussen, M., 10 mar. 2022, I: Eurosurveillance. 27, 10, s. 1-7 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelpeer review

  24. Udgivet

    Calibrated uncertainty for molecular property prediction using ensembles of message passing neural networks

    Busk, J., Jørgensen, P. B., Bhowmik, A., Schmidt, M. N., Winther, O. & Vegge, T., mar. 2022, I: Machine Learning: Science and Technology. 3, 1, 13 s., 015012.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelpeer review

  25. Udgivet

    Polygenic risk modeling for prediction of epithelial ovarian cancer risk

    GEMO Study Collaborators, GC-HBOC Study Collaborators, EMBRACE Collaborators, OPAL Study Group, AOCS group, kConFab investigators, HEBON Investigators, The OCAC Consortium & The CIMBA Consortium, mar. 2022, I: European Journal of Human Genetics. 30, 3, s. 349-362 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelpeer review

  26. Udgivet

    Targeting the tumor mutanome for personalized vaccination in a TMB low non-small cell lung cancer

    McCann, K., von Witzleben, A., Thomas, J., Wang, C., Wood, O., Singh, D., Boukas, K., Bendjama, K., Silvestre, N., Nielsen, F. C., Thomas, G., Sanchez-Elsner, T., Greenbaum, J., Schoenberger, S., Peters, B., Vijayanand, P., Savelyeva, N. & Ottensmeier, C., mar. 2022, I: Journal for ImmunoTherapy of Cancer. 10, 3, e003821.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelpeer review

  27. Udgivet

    Induction of Broad β-lactam Resistance in Achromobacter ruhlandii by Exposure to Ticarcillin Is Primarily Linked to Substitutions in Murein Peptide Ligase Mpl

    Andersen, C., Gabrielaite, M. & Nørskov-Lauritsen, N., 11 feb. 2022, I: Microorganisms. 10, 2, 420.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelpeer review

  28. Udgivet
  29. Udgivet
  30. Udgivet

    Personalized circulating tumor DNA in patients with hepatocellular carcinoma: a pilot study

    Pommergaard, H. C., Yde, C. W., Ahlborn, L. B., Andersen, C. L., Henriksen, T. V., Hasselby, J. P., Rostved, A. A., Sørensen, C. L., Rohrberg, K. S., Nielsen, F. C. & Rasmussen, A., feb. 2022, I: Molecular Biology Reports. 49, 2, s. 1609-1616 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelpeer review

  31. Udgivet

    Personalized therapy with peptide-based neoantigen vaccine (EVX-01) including a novel adjuvant, CAF®09b, in patients with metastatic melanoma

    Mørk, S. K., Kadivar, M., Bol, K. F., Draghi, A., Westergaard, M. C. W., Skadborg, S. K., Overgaard, N., Sørensen, A. B., Rasmussen, I. S., Andreasen, L. V., Yde, C. W., Trolle, T., Garde, C., Friis-Nielsen, J., Nørgaard, N., Christensen, D., Kringelum, J. V., Donia, M., Hadrup, S. R. & Svane, I. M., 10 jan. 2022, I: OncoImmunology. 11, 1, s. 2023255 2023255.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelpeer review

  32. Udgivet

    A catalog of curated breast cancer genes

    Bose, M., Benada, J., Thatte, J. V., Kinalis, S., Ejlertsen, B., Nielsen, F. C., Sørensen, C. S. & Rossing, M., jan. 2022, I: Breast Cancer Research and Treatment. 191, 2, s. 431-441 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelpeer review

  33. Udgivet

    Constitutional POLE variants causing a phenotype reminiscent of constitutional mismatch repair deficiency

    Sehested, A. M., Meade, J., Scheie, D., Østrup, O., Bertelsen, B., Misiakou, M-A., Sarosiek, T., Kessler, E., Melchior, L. C., Munch-Petersen, H. F., Reetesh, P. K., Schmuth, M., Gottschling, H., Zschocke, J., Gallon, R. & Wimmer, K., jan. 2022, I: Human Mutation. 43, 1, s. 85-96

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelpeer review

  34. Udgivet
  35. Udgivet
  36. Udgivet
  37. Udgivet
  38. Udgivet

    Multiple endocrine neoplasia type 2: A reveiw

    Mathiesen, J. S., Effraimidis, G., Rossing, M., Rasmussen, Å. K., Hoejberg, L., Bastholt, L., Godballe, C., Oturai, P. & Feldt-Rasmussen, U., 2022, I: Seminars in Cancer Biology. 79, s. 163-179

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewpeer review

  39. Udgivet

    Travel Tales of a Worldwide Weed: Genomic Signatures of Plantago major L. Reveal Distinct Genotypic Groups With Links to Colonial Trade Routes

    Iwanycki Ahlstrand, N., Gopalakrishnan, S., Vieira, F. G., Bieker, V. C., Meudt, H. M., Dunbar-Co, S., Rothfels, C. J., Martinez-Swatson, K. A., Maldonado, C., Hassemer, G., Shipunov, A., Bowers, M. D., Gardner, E., Xu, M., Ghorbani, A., Amano, M., Grace, O. M., Pringle, J. S., Bishop, M., Manzanilla, V. & 18 flere, Cotrim, H., Blaney, S., Zubov, D., Choi, H-K., Yesil, Y., Bennett, B., Vimolmangkang, S., El-Seedi, H. R., Staub, P. O., Li, Z., Boldbaatar, D., Hislop, M., Caddy, L. J., Muasya, A. M., Saslis-Lagoudakis, C. H., Gilbert, M. T. P., Zerega, N. J. C. & Rønsted, N., 2022, I: Frontiers in Plant Science. 13, s. 838166 838166.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelpeer review

  40. 2021
  41. Udgivet

    Interpretable Autoencoders Trained on Single Cell Sequencing Data Can Transfer Directly to Data from Unseen Tissues

    Walbech, J. S., Kinalis, S., Winther, O., Nielsen, F. C. & Bagger, F. O., 28 dec. 2021, I: Cells. 11, 1, 85.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelpeer review

  42. Udgivet

    Human immunotypes impose selection on viral genotypes through viral epitope specificity

    Gabrielaite, M., Bennedbæk, M., Zucco, A. G., Ekenberg, C., Murray, D. D., Kan, V. L., Touloumi, G., Vandekerckhove, L., Turner, D., Neaton, J., Lane, H. C., Safo, S., Arenas-Pinto, A., Polizzotto, M. N., Günthard, H. F., Lundgren, J. D., Marvig, R. L. & INSIGHT START trial group, 15 dec. 2021, I: The Journal of infectious diseases. 224, 12, s. 2053-2063 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelpeer review

  43. Udgivet

    Microbiome Compositions and Resistome Levels after Antibiotic Treatment of Critically Ill Patients: An Observational Cohort Study

    Nielsen, K. L., Olsen, M. H., Pallejá, A., Ebdrup, S. R., Sørensen, N., Lukjancenko, O., Marvig, R. L., Møller, K., Frimodt-Møller, N. & Hertz, F. B., 9 dec. 2021, I: Microorganisms. 9, 12, 2542.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelpeer review

  44. Udgivet
  45. Udgivet

    Diagnostic Accuracy and Clinical Impact of [ 18F]FET PET in Childhood CNS tumors

    Marner, L., Lundemann, M., Sehested, A., Nysom, K., Borgwardt, L., Mathiasen, R., Wehner, P. S., Henriksen, O. M., Thomsen, C., Skjøth-Rasmussen, J., Broholm, H., Østrup, O., Forman, J. L., Højgaard, L. & Law, I., 1 dec. 2021, I: Neuro-Oncology. 23, 12, s. 2107-2116 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelpeer review

  46. Udgivet

    A case-only study to identify genetic modifiers of breast cancer risk for BRCA1/BRCA2 mutation carriers

    Coignard, J., Lush, M., Beesley, J., O'Mara, T. A., Dennis, J., Tyrer, J. P., Barnes, D. R., McGuffog, L., Leslie, G., Bolla, M. K., Adank, M. A., Agata, S., Ahearn, T., Aittomäki, K., Andrulis, I. L., Anton-Culver, H., Arndt, V., Arnold, N., Aronson, K. J., Arun, B. K. & 31 flere, Augustinsson, A., Azzollini, J., Barrowdale, D., Baynes, C., Becher, H., Bermisheva, M., Bernstein, L., Białkowska, K., Blomqvist, C., Bojesen, S. E., Bonanni, B., Borg, A., Brauch, H., Brenner, H., Burwinkel, B., Buys, S. S., Caldés, T., Caligo, M. A., Campa, D., Carter, B. D., Castelao, J. E., Chang-Claude, J., Chanock, S. J., Chung, W. K., Claes, K. B. M., Clarke, C. L., Collée, J. M., Flyger, H., Nielsen, F. C., Rossing, M. & GEMO Study Collaborators, dec. 2021, I: Nature Communications. 12, 1, s. 1078 1078.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelpeer review

  47. Udgivet

    Author Correction: A case-only study to identify genetic modifiers of breast cancer risk for BRCA1/BRCA2 mutation carriers (Nature Communications, (2021), 12, 1, (1078), 10.1038/s41467-020-20496-3)

    Coignard, J., Lush, M., Beesley, J., O'Mara, T. A., Dennis, J., Tyrer, J. P., Barnes, D. R., McGuffog, L., Leslie, G., Bolla, M. K., Adank, M. A., Agata, S., Ahearn, T., Aittomäki, K., Andrulis, I. L., Anton-Culver, H., Arndt, V., Arnold, N., Aronson, K. J., Arun, B. K. & 35 flere, Augustinsson, A., Azzollini, J., Barrowdale, D., Baynes, C., Becher, H., Bermisheva, M., Bernstein, L., Białkowska, K., Blomqvist, C., Bojesen, S. E., Bonanni, B., Borg, A., Brauch, H., Brenner, H., Burwinkel, B., Buys, S. S., Caldés, T., Caligo, M. A., Campa, D., Carter, B. D., Castelao, J. E., Chang-Claude, J., Chanock, S. J., Chung, W. K., Claes, K. B. M., Clarke, C. L., Collée, J. M., Flyger, H., Nielsen, F. C., Rossing, M., ABCTB Investigators, GEMO Study Collaborators, EMBRACE Collaborators, kConFab investigators & HEBON Investigators, dec. 2021, 1 s.

    Publikation: AndetAndet bidragForskning

  48. Udgivet

    Basal Cell Carcinoma of Prostate With MSMB-NCOA4 Fusion and a Probable Basal Cell Carcinoma In Situ: Case Report

    Pedersen, V., Petersen, K. S., Brasso, K., Østrup, O. & Loya, A. C., dec. 2021, I: International journal of surgical pathology. 29, 8, s. 850-855 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelpeer review

  49. Udgivet
  50. Udgivet
  51. Udgivet

    Unveiling mRNP composition by fluorescence correlation and cross-correlation spectroscopy using cell lysates

    Mateu-Regué, À., Christiansen, J., Bagger, F. O., Hellriegel, C. & Nielsen, F. C., 18 nov. 2021, I: Nucleic Acids Research. 49, 20, s. e119

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelpeer review

  52. Udgivet
Forrige 1 2 3 4 5 6 7 8 9 Næste

ID: 36541166